نواحي تكرشتهاي شده DNA به وسيله پروتي ينهايي كه به ا نها متصل ميشوند پايدار ميگردند نواحي تك رشتهاي كه در اثر فعاليت پروتي ينهاي هليكاز بوجود ميا يند ممكن است دوباره به يكديگر متصل شوند بنابراين نواحي تكرشتهاي فوق به وسيله پروتي ينهايي كه تنها به DNA تكرشتهاي وصل ميگردند ) پروتي ينهاي فوق به نام SSB ناميده ميشوند ( پوشانده ميشوند. برعكس هليكازها پروتي ينهاي SSB براي اتصال به DNA نياز به ATP ندارند و هيچگونه نقش ا نزيمي نيز نشان نميدهند. پروتي ين SSB اصلي كليباسيل از ۱۷۷ اسيد ا مينه ساخته شده است كه به صورت تترامر فعال است. اين پروتي ين حدود ۳۲ باز را در DNA تكرشتهاي ميپوشاند. در اثر اتصال يك تترامر SSB به قسمتي از DNA قرار گرفتن تترامر ديگر SSB در مجاورت ا ن تسهيل ميگردد. به اين پديده اتصال متعاون گفته ميشود ) شكل 1 ). ناحيه تكرشتهاي كه به وسيله پروتي ينهاي SSB پوشيده ميشود بدون انعطاف و گسترده است و خميدگي در ا ن وجود ندارد و ا رايش فوق براي رشته الگو كه از روي ا ن رشته مكمل ساخته ميشود ضروري است. در صورت عدم وجود چنين ا رايشي ممكن است نواحي تكرشتهاي بر روي يكديگر بيفتند و خميدگي و يا پيچ ايجاد گردد. در اين صورت با بوجود ا مدن حلقههاي سنجاقسري عمل همانندسازي متوقف ميشود.
شكل ) ۱ ( شماي فرضي نحوه عمل پروتي ينهاي SSB در چنگال همانندسازي. اين پروتي ينها به نواحي تكرشتهاي متصل و باعث تسريع همانندسازي ميشوند و همانگونه كه در شكل نشان داده شده است پس از جدا شدن از DNA دوباره مورد استفاده قرار ميگيرند. شروع سنتز قطعات اوكازاكي به وسيله RNA پرايمر : ا نزيم پريماز و پريموزومها با مطالعه دقيق ا نزيمهاي پليمراز معلوم شد كه اين ا نزيمها تنها ميتوانند نوكلي وتيدها را به انتهاي يك رشته پلينوكلي وتيدي اضافه كنند و قادر نيستند كه بدون مقدمه شروع به سنتز DNA نمايند. بنابراين بايد ا نزيم پليمراز ديگري وجود داشته باشد كه براحتي بتواند زنجيره پلي نوكلي وتيدي را از اول و بدون مقدمه بسازد. البته بايد توجه داشت كه ا نزيمهاي ا غازكننده فقط نقش فرعي دارند ولي تقريبا بيوسنتز همه مولكولهاي DNA به وسيله قطعات كوچكي از RNA كه به نام پرايمر خوانده ميشوند شروع ميگردد. بنابراين بيوسنتز DNA به وسيله ا نزيمهاي DNA پليمراز شروع نميشود
بلكه اين عمل به وسيله ا نزيمهايي كه از روي الگوي RNA DNA ميسازند انجام ميگيرد. قطعات RNA اي كه بدين ترتيب بوجود ميا يند نقش شروعكننده را ايفا ميكنند. به هر حال ا نزيمهاي RNA پليمراز سلول كه براي سنتز RNA از روي DNA بكار ميروند تنها مقدار ناچيزي از اين پرايمرها را توليد ميكنند. RNA هاي پرايمر قطعات اوكازاكي به وسيله RNA پليمرازهايي كه به پريماز معروف هستند ساخته ميشوند. ا نزيمهاي پريماز توالي خاصي از نواحي تكرشتهاي DNA را تشخيص ميدهند. ا نزيم پريماز كليباسيل از يك زنجيره پليپپتيدي به وزن مولكولي ۶۰ كيلو دالتون ساخته شده است و در حدود ۵۰ الي ۱۰۰ نسخه از ا ن در سلول وجود دارد. ا نزيم فوق به تنهايي فاقد فعاليت محسوس است. تنها زماني كه به شش يا هفت ا نزيم پريماز ديگر متصل شود و مجموعهاي به نام پريموزوم را بوجود ميا ورد كه داراي فعاليت ا نزيمي ميباشد. اين مجموعه ا نزيمي در جهت 5 3 رشته پيرو حركت ميكند و پرايمرهاي قطعات اوكازاكي را بوجود ميا ورد. اعمال مختلف پريموزوم تا كنون مشخص نشده است ولي اجزاء فوق بايد در ارتباط با يكديگر عمل كنند تا ا نزيم بتواند بر روي زنجيره تكرشتهاي DNA حركت كرده خود را جايگزين پروتي ينهاي SSB بنمايد و بدين ترتيب با شناسايي رديف خاصي از زنجيره تكرشتهاي پرايمر را سنتز نمايد. جهت حركت پريموزومها روي رشته الگو عكس جهت حركتي است كه در هنگام هيدروليز RNA پرايمر بايد داشته باشند ) ا نها در جهت 3 5 حركت ميكنند در حالي كه هيدروليز RNA در جهت 5 3 نجام ميشود ). اين ممكن است دليلي باشد بر اينكه پرايمرها معمولا از سه الي پنج نوكلي وتيد تشكيل شدهاند ) جدول ).
DNA هاي پرايمر مربوط به همانندسازي غيرممتد RNA ژنوم طول زنجيره RNA كه به قطعات DNA وصل ميشوند محصول اوليه pppapcpc/a(pn) 1 2 ) غني از ( N:A,C * pppapc (PN) 3 ۱-۵ ۱-۵ فاژT7 فاژT4 كليباسيل نامعلوم *** (p)ppa /G (PN) 7 pppa / G (Pn)~9 ۱-۳ ۱-۵ ** فاژ ϕ X 174 ستاره دريايي پوليوما و SV40 ۱ تا حدود ۸ در حدود ۱۰ سلولهاي حيواني در حدود ۹ 3 * رديف مكمل الگوي مربوط به پرايمر - pcptpgp G/Tp است G/T نشانگر ا ن ميباشد كه در اين محل G و يا T ميتواند حضور داشته باشد. SS در لوله ا زمايش به رشته مكمل وصل ميشوند ۳۹ درصد يك ** از پرايمرهايي كه در تبديل RF نوكلي وتيدي ۱۸ درصد دو نوكلي وتيدي و ۸۳ درصد بين ۱ الي ۵ نوكلي وتيدي ميباشند. نتايج مشابه در سلول : ۴۸ درصد يك نوكلي وتيدي ۲۳ درصد دو نوكلي وتيدي و ۹۲ درصد ۱ الي ۵ نوكلي وتيدي هستند. *** انتهاي قطعات در ۸۰ درصد پرايمرها در لوله ا زمايش باز A است. در يك موجود ) مثل ويروس ( توالي پرايمرها بسيار شبيه يكديگراست و اين نشاندهنده ا ن ميباشد كه ا نزيمهاي پريماز قطعاتي از RNA را ميسازند كه رديف مكمل ا نها در رشتهي الگوي پيرو تكرار ميشود. حذف پرايمرها بعدا به وسيله ا نزيم ديگري صورت ميگيرد. يكي از اين ا نزيمها DNA پليمراز I است كه پس از برداشتن قسمتهاي RNA فضاي خالي بين دو قطعه اوكازاكي را پر ميكند. (شكل 2 ).
استفاده از پرايمر RNA در شروع بيوسنتز رشته پيرو. پليمراز I به اين ترتيب عمل مينمايد كه با اتصال به انتهاي - OH 3 قطعه ا نزيم DNA اوكازاكي قبلي يك نوكلي وتيد اضافه ميكند و همزمان از انتهاي ' 5 قطعه اوكازاكي جديدتر ) مجاور ( يك نوكلي وتيد را بر ميدارد. برداشت ريبونوكلي وتيدها به وسيله جايگاه خاصي از ا نزيم صورت ميگيرد كه متمايز از جايگاه اگزونوكلي ازي 5 3 است ) ر. ك. به شكل 2 ). فعاليت اگزونوكلي ازي 5 3 ريبونوكلي وتيدها و دزاكسي ريبونوكلي وتيدها را از زنجيره جدا ميكند و بنابراين عملكرد ا ن فقط محدود
به پرايمرهاي RNA نميشود. همانطور كه در مطالب بعد مطالعه خواهيم كرد ا نزيم DNA پليمراز I ميتواند قطعاتي از DNA كه به وسيله مواد راديواكتيو تخريب شدهاند را نيز از مولكول DNA بردارد. علت استفاده از قطعات RNA براي بيوسنتز DNA احتمالا به اين منظور است كه از اشتباهات خطرناك و كشنده در سنتز DNA جلوگيري شود. قرار گرفتن نوكلي وتيدهاي اوليه در مقابل DNA الگو ذاتا از صحت كمتري در مقايسه با نوكلي وتيدهايي كه بعدها به قسمتهاي طويل شده اضافه ميشود برخوردار ميباشد و بنابراين بهتر است كه قطعات اوليه از جنس RNA ساخته شده و بعدها از زنجيره جدا شوند. در اين صورت بيوسنتز DNA صحت بالايي خواهد يافت.